Topan Shanshan mendarat di Kyushu, pulau paling selatan Jepang, sekitar pukul 8 pagi pada waktu lokal Kamis, seperti yang diumumkan oleh badan meteorologi negara tersebut. Menurut Pusat Peringatan Topan Gabungan Angkatan Laut Amerika Serikat, topan tersebut melemah saat mendekati pulau tersebut. Namun, masih menghantam sebagian wilayah Jepang bagian selatan dengan hujan lebat, dan risiko tanah longsor dan banjir yang membahayakan nyawa meningkat dengan cepat, peringatan dari Badan Meteorologi Jepang.
Badai dahsyat tersebut memiliki angin berkelanjutan hingga 97 mil per jam pada Kamis pagi, setara dengan Badai Kategori 2, menurut Pusat Peringatan Topan Gabungan Angkatan Laut. Topan mendarat dekat Kota Satsumasendai, yang memiliki populasi sekitar 100.000 jiwa, di Prefektur Kagoshima.
Tiga orang tewas setelah tanah longsor menimbun rumah mereka di Kota Gamagori di Jepang bagian tengah, yang dilanda hujan lebat, kata pemerintah setempat pada Kamis pagi.
Sekitar satu juta orang berada di bawah perintah evakuasi dan hampir 40 orang telah terluka dalam badai ini, menurut siaran publik NHK. Sekitar 253.000 orang tidak memiliki listrik, kata penyedia layanan listrik Kyushu Electric Power Transmission and Distribution.
Pada hari Rabu, pihak berwenang mengeluarkan peringatan darurat langka untuk badai ini di Prefektur Kagoshima. Mereka merupakan kategori peringatan tertinggi yang mungkin terjadi di Jepang, biasanya hanya dikeluarkan sekali setiap beberapa puluh tahun di suatu wilayah tertentu, dan menunjukkan kemungkinan terjadi bencana besar, menurut Badan Meteorologi Jepang.
Toyota mengumumkan bahwa mereka akan menghentikan produksi di semua 14 pabriknya di Jepang mulai Rabu malam, untuk melindungi para pekerjanya.
Selama Selasa dan Rabu, badai itu bergerak lambat melewati Kepulauan Amami, di selatan daratan utama, sebelum bergerak ke utara menuju Kyushu. Kecepatannya yang lambat berarti ia telah menghantam daerah-daerah tertentu dengan hujan selama beberapa jam, dan beberapa bagian selatan Kyushu telah menerima hampir dua kaki hujan sejauh ini, kata badan meteorologi.